app/aide/aide.h

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//####//------------------------------------------------------------
//####//  MAGiC
//####//  Jean Christophe Cuilliere et Vincent FRANCOIS
//####//  Departement de Genie Mecanique - UQTR
//####//------------------------------------------------------------
//####//  MAGIC est un projet de recherche de l equipe ERICCA
//####//  du departement de genie mecanique de l Universite du Quebec a Trois Rivieres
//####//  http://www.uqtr.ca/ericca
//####//  http://www.uqtr.ca/
//####//------------------------------------------------------------
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//####//
//####//       aide.h
//####//
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//####//------------------------------------------------------------
//####//    COPYRIGHT 2000-2024
//####//  Derniere modification par francois
//####//  mer 24 jui 2024 18:48:56 EDT
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//####//------------------------------------------------------------
/*! \page Aide Info MAGiC
Informations diverses

- \subpage infodiv

Configuration de MAGiC

- \subpage Configuration 


Description du format du fichier script MAGiC\n
- \subpage  Script

Description de la procédure de reconstruction d'un modèle structurel après optimisation topologique\n
- \subpage  Reconstruction

Faire une étude SiDolo

- \subpage SiDolo 

Microstucture de matériaux hétérogénes

- \subpage microstructre 

\image html testmagic150.png 
*/

/*! \mainpage
  
  <H1><B><center>Bienvenue sur le site de documentation du laboratoire <A HREF=http://www.uqtr.ca/ericca>ERICCA</A> de l'<A HREF=http://www.uqtr.ca/>UQTR</a></center></B></H1>
  <table border="0">
  <tr>
  <td>
  \image html viewvc-logo.png <br>
  <a HREF=http://ericca.uqtr.ca/cgi-bin/viewvc.cgi/REPOS_ERICCA/>Vue de la derniere version</a><br>
  \image html testmagic150.png <br>
  <a HREF=http://ericca.uqtr.ca/webmagic/index_text.html>État de la derniere version</a>
  <br>\image html documentation.png width=120px <br>
  <a href="http://ericca.uqtr.ca/biblio/Programmation/MAGiC/"> Documentation MAGiC </a>

  
  </td>
  <td>
  <div style="text-align:center">
  \image html magicexemple.jpg width=800px
  </div>
  </td>
  </tr>
  </table>
  */


/*! \page infodiv Informations diverses sur le projet MAGiC
Le projet MAGiC est un projet des professeurs Jean-Christophe Cuillière et Vincent Francois de l'Équipe de Recherche en Intégration CAO-CAlcul du département de génie mécanique de l'UQTR.\n\n
Cette page résume les différents liens pour les outils disponibles : \n\n
<ul>
<li><a href="http://ericca.uqtr.ca/cgi-bin/viewvc.cgi"> Web SVN </a></li>
<li><a href="http://ericca.uqtr.ca/biblio"> Biblio ERICCA </a></li>
<li><a href="http://ericca.uqtr.ca/cas_test"> Cas test d'optimisation de topologie </a></li>
<li><a href="http://ericca.uqtr.ca/webmagic/index_text.html"> Tests journaliers du code </a></li>

<li>Documentation de Code ASTER</li>
<ul>
<li><a href="http://ericca.uqtr.ca/fr11.7"> 11.7 </a></li>
<li><a href="http://ericca.uqtr.ca/fr12.4"> 12.4 </a></li>
<li><a href="http://ericca.uqtr.ca/fr13.6"> 13.6 </a></li>
<li><a href="http://ericca.uqtr.ca/fr14.4"> 14.4 </a></li>
<li><a href="http://ericca.uqtr.ca/fr14.6"> 14.6 </a></li>
<li><a href="https://code-aster.org/doc/v15/fr/index.php"> 15.6 </a></li>
</ul>
<li>Modification dans Code ASTER</li>
<ul>
<li>\subpage ExtraireK </a></li>
<li>\subpage CalcParal </a></li>
</ul>

<li>Script d'installation de l'environnement ERICCA : Downloader les fichiers suivants ./instal_magic.bash [tout]. L'option installe les outils de développements. Il faut s'assurer que les scripts soient exécutables. Ensuite il faut faire ./instal_asterv15plus.bash numversion. Ensuite si necessaire ./instal_chrono.bash</li>
<ul>
<li><a href="http://ericca.uqtr.ca/linux/instal_magic.bash"> Script d'installation de MAGiC </a></li>
<li><a href="http://ericca.uqtr.ca/linux/instal_aster.bash"> Script d'installation de code ASTER (version&lt;15)</a></li>
<li><a href="http://ericca.uqtr.ca/linux/instal_asterv15plus.bash"> Script d'installation de code ASTER (version&ge;15)</a></li>
<li><a href="http://ericca.uqtr.ca/linux/instal_chrono.bash"> Script d'installation de Project Chrono</a></li>
</ul>
<li>Script d'environnement de MAGIC</li>
<ul>
<li><a href="http://ericca.uqtr.ca/linux/bash.bashrc"> Fichier a concatener avec le fichier /etc/bash.bashrc </a></li>
<li><a href="http://ericca.uqtr.ca/linux/home.bashrc"> Fichier a concatener avec le fichier .bashrc dans chaque home</a></li>
</ul>

</ul>
*/


/*! \page ExtraireK Extraire matrice de raideur 
Pour extraire le matrice de rigidité lors d'un calcul de Code Aster dans un fichier en format MATLAB, Il faut utiliser une routine Fortran pour cela (matimp.f) que l'on vient appeler au bon endroit (par exemple dans "op0012.F90"). \n
Pour la version 12.4 de Code Aster, il faut faire la modification suivant dans "op0012.F90". On le trouve dans le paquet d'installation de Code Aster à cet endroit:  "aster-full-src-12.4.0/SRC/aster-12.4.0/bibfor/op/op0012.F90". \n
On édite "op0012.F90" on ajoutant "call matimp(matas,29,'MATLAB')" à la lieu montrée. \n

\verbatim
!     -- SI MATAS N'EST PAS MPI_COMPLET, ON LA COMPLETE :
    call dismoi('MPI_COMPLET', matas, 'MATR_ASSE', repk=kmpic)
    ASSERT((kmpic.eq.'OUI').or.(kmpic.eq.'NON'))
    if (kmpic .eq. 'NON') call sdmpic('MATR_ASSE', matas)
!
!
!
    call matimp(matas,29,'MATLAB')                      << On appel matimp ICI <<
!
!     -- MENAGE :
    call jedetr(lchci)
    call jedetr(lmatel)
!
    call jedema()
end subroutine
\endverbatim \n
Et puis, on compile Code ASTER: sudo python setup.py install\n
Pour etre capable de sauvegarder le matrice de rigidité dans le fichier MATLAB, il faut editer le fichier .export de Code ASTER comme montré ci dessous: \n
\verbatim
F comm /home/..../filename.comm D  1
F mail /home/..../filename.mail D  20
F mess /home/..../filename.mess R  6
F m /home/..../filename.m R  29                         << On ajoute cette ligne ICI <<
\endverbatim \n
*/


/*! \page CalcParal Calcul parallèle dans Code ASTER 
Référence: <a href="https://sites.google.com/site/codeastersalomemeca/home/code_asterno-heiretuka/parallel-code_aster-12-4-english"> Parallel Code_Aster 12.4 </a>\n\n
<B>Version</B>\n
OS：Ubuntu 14.04 \n
Code_Aster : ver.12.4\n
-----------------------------------------------------------\n\n
<B>Telecharger des fichiers</B>\n
Les fichier sont enregistrés dans:  ~/Install_Files\n
Ils sont  installé dans : /opt and /opt/aster\n\n
Télécharger les fichier suivant:\n
aster-full-src-12.4.0-1.noarch.tar.gz (Code_Aster)\n
OpenBLAS-0.2.15.tar.gz (OpenBLAS)\n
scalapack_installer.tgz (ScaLAPACK)\n
petsc-3.4.5.tar.gz (PETSc)\n\n
Modifier le propriétaire d'installation par: $ sudo chown username /opt/\n
Installez les bibliothèques pour Code_Aster par: \n
$ sudo apt-get install gfortran g++ python-dev python-qt4 python-numpy liblapack-dev libblas-dev tcl tk zlib1g-dev bison flex checkinstall openmpi-bin libopenmpi-dev libx11-dev cmake qt4-dev-tools libmotif-dev \n
-----------------------------------------------------------\n\n
<B>Compiler OpenBLAS (Math LIbrary pour Code_Aster)</B>\n
$ cd ~/Install_Files/\n
$ tar xfvz OpenBLAS-0.2.15..tar.gz\n
$ cd OpenBLAS-0.2.15\n
$ make NO_AFFINITY=1 USE_OPENMP=1\n
$ make PREFIX=/opt/OpenBLAS install\n
$ echo /opt/OpenBLAS/lib | sudo tee -a /etc/ld.so.conf.d/openblas.conf\n
$ sudo ldconfig\n
-----------------------------------------------------------\n\n
<B>Compiler Code_Aster (séquentiel) avec OpenBLAS.</B>\n
$ cd ~/Install_Files\n
$ tar xfvz aster-full-src-12.4.0-1.noarch.tar.gz\n
$ cd aster-full-src-12.4.0/\n
$ sed -i "s:PREFER_COMPILER\ =\ 'GNU':PREFER_COMPILER\ =\'GNU_without_MATH'\nMATHLIB=\ '/opt/OpenBLAS/lib/libopenblas.a':g" setup.cfg\n
$ python setup.py install\n
<EM>Faire host-file pour calcul parallèle par:</EM>\n
$ echo "$HOSTNAME cpu=$(cat /proc/cpuinfo | grep processor | wc -l)" > /opt/aster/etc/codeaster/mpi_hostfile\n
-----------------------------------------------------------\n\n
<B>Compiler ScaLAPACK</B>\n
$ cd ~/Install_Files\n
$ tar xfvz scalapack_installer.tgz\n
$ cd scalapack_installer_1.0.2\n
$ ./setup.py --lapacklib=/opt/OpenBLAS/lib/libopenblas.a --mpicc=mpicc --mpif90=mpif90 --mpiincdir=/usr/lib/openmpi/include --ldflags_c=-fopenmp --ldflags_fc=-fopenmp --prefix=/opt/scalapack\n
<EM>Une message d'erreur "BLACS: error running BLACS test routines xCbtest" apparaîtra après la compilation, mais vous réussissez, s'il existe le fichier dans "/opt/scalapack/lib/libscalapack.a"</EM> \n
-----------------------------------------------------------\n\n
<B>Compiler MUMPS</B>\n
Copier mumps-4.10.0 dans fichiers source de Code_Aster dans '/opt.\n
Compiler par mpi-compiler\n
$ cp ~/Install_Files/aster-full-src-12.4.0/SRC/mumps-4.10.0-aster3.tar.gz /opt/\n
$ cd /opt\n
$ tar xfvz mumps-4.10.0-aster3.tar.gz\n
$ mv mumps-4.10.0 mumps-4.10.0_mpi\n
$ cd mumps-4.10.0_mpi/\n
Changer 'Makefile.inc.in' pour MUMPS4.10.0 Makefile.inc\n
$ make all \n
-----------------------------------------------------------\n\n
<B>Compiler PETSc avec HYPRE et ML</B>\n
$ cp ~/Install_Files/petsc-3.4.5.tar.gz /opt\n
$ cd /opt\n
$ tar xfvz petsc-3.4.5.tar.gz\n
$ cd petsc-3.4.5\n
$ ./config/configure.py --with-mpi-dir=/usr/lib/openmpi --with-blas-lapack-lib=/opt/OpenBLAS/lib/libopenblas.a  --download-hypre=yes --download-ml=yes --with-debugging=0 COPTFLAGS=-O1 CXXOPTFLAGS=-O1 FOPTFLAGS=-O1 --configModules=PETSc.Configure --optionsModule=PETSc.compilerOptions  --with-x=0 --with-shared-libraries=0 \n
$ make PETSC_DIR=/opt/petsc-3.4.5 PETSC_ARCH=arch-linux2-c-opt all\n
$ make PETSC_DIR=/opt/petsc-3.4.5 PETSC_ARCH=arch-linux2-c-opt test\n
-----------------------------------------------------------\n\n
<B>Compiler Code_Aster (parallèle)</B>\n
<EM>Changer un partie de 'mpi_get_procid_cmd' de '/opt/aster/etc/codeaster/asrun' par:\n
mpi_get_procid_cmd : echo $OMPI_COMM_WORLD_RANK\n
<EM>Changer 32 a 64 pour les processeur 64 bit: </B>\n
batch_mpi_nbpmax : 32 (ou 64)\n
interactif_mpi_nbpmax : 32 (ou 64)\n
<EM>Décompresser Code_Aster</B>\n
$ cd ~/Install_Files\n
$ cd aster-full-src-12.4.0/SRC\n
$ tar xfvz aster-12.4.0.tgz\n
$ cd aster-12.4.0\n
<EM>Mettre les fichiers de configuration pour calcul parallèle: <a href="https://sites.google.com/site/codeastersalomemeca/home/code_asterno-heiretuka/code_asterno-heiretuka-12-4/Ubuntu_gnu_mpi.py?attredirects=0&d=1"> Ubuntu_gnu_mpi.py </a> et <a href="https://sites.google.com/site/codeastersalomemeca/home/code_asterno-heiretuka/code_asterno-heiretuka-12-4/Ubuntu_gnu.py?attredirects=0&d=1"> Ubuntu_gnu.py </a> dans cette dossier et compiler Code_Aster.</B>\n
$ export ASTER_ROOT=/opt/aster\n
$ ./waf configure --use-config-dir=$ASTER_ROOT/12.4/share/aster --use-config=Ubuntu_gnu_mpi --prefix=$ASTER_ROOT/PAR12.4\n
$ ./waf install -p\n
<EM>Ajouter 'vers : PAR12.4:/opt/aster/PAR12.4/share/aster' en dessous de 'vers : testing' in '/opt/aster/etc/codeaster/aster' et puis 'PAR12.4' est enregistré dans ASTK.</B>\n

*/


/*! \page Script Description du contenu du fichier script
Un fichier script est composé de commandes exécutées en séquences depuis le début du fichier jusqu'à la fin.\n
Toute ligne commence par une variable suivie d'un espace suivi d'un signe egal suivi d'un espace et suivi de la commande et de ses arguments.\n
Si le premier caractère de la ligne est le caractère # alors la ligne est ignorée.\n\n
Les commandes disponibles dans le script MAGiC:
- \subpage ajoutass
- \subpage brepassemblage
- \subpage creemodele
- \subpage creeassemblage
- \subpage diff 
- \subpage enregistrer
- \subpage export_mg_gmsh
- \subpage export_fem_gmsh
- \subpage fichier
- \subpage importstepocc
- \subpage inter 
- \subpage p_cylindre 
- \subpage p_cone 
- \subpage p_boite 
- \subpage p_sphere 
- \subpage p_ellipsoide 
- \subpage p_tore 
- \subpage union 
- \subpage fragment 
- \subpage tristlmodele
- \subpage tristlassemblage
*/


/*! \page Configuration Configuration de MAGiC
Dans chaque compte utilisateur ou MAGiC est utilisé un fichier .magic dans le home directory permet de regler quelques parametres de l'application :\n\n
Version_gmsh = 2.0000       //Version de gmsh utilisée\n
Affiche_Code_Aster = 0.000000       //0. Affichage redirigé vers le fichier aster.log 1 affichage dans un terminal\n
Container_singularity_aster = ~/containers/salome_meca-lgpl-2022.1.0-1-20221225-scibian-9.sif       //Proprietes aster : Fichier du container code-aster (version >15)\n
Convergence_mailleur3d_frontal = 200.000000       //Nombre de front restant à partir duquel la destruction est obligatoire\n
Echantillon_face = 20.000000       //Nombre d'échantillon pour le calcul de la boite englobante des faces\n
Epsilon_face = 1.000000       //Distance entre la triangulation et la face pour les algos qui echantillonnent les faces (en mm)\n
Angle_dev_face = 0.500000       //Angle entre deux elements de la triangulation pour les algos qui echantillonnent les faces\n
Verification_coin_face_mailleur2D = 0.000000       //0. Ne fais pas la vérification 1. Fait la vérification qu'un sommet de face partage au moins deux triangles\n
Optimisation_2D = 1       //Nombre de bits = nombre de passe d'optimisation. Pour chaque bit 1=bouge de noeud 2=inverse diagonale 3=bouge de noeud inserse diagonale simultane 4=inverse diagonale bouge de noeud simulatane\n
Quadratisation_jmin = 1.000000       //Garantir des tetras quadratiques avec  jaconien minimum positif : 1=oui 2=non\n
Quadratisation_pas = 100.000000       //Nombre de pas pour recaler les noeuds et obtenir un jmin positif\n
Quadratisation_dis = 0.100000       //Valeur de la distortion du jacobien minimale à atteindre\n
Quadratisation_nbpassemax = 4.000000       //Nombre de passe maximale pour obtenir un jmin positif\n
Nb_iteration_max_mailleur2d = 1000000.000000       //Nombre d'iteration maximale pour le mailleur 2D\n
Nb_front_max_mailleur3d = 10000000.000000       //Nombre de front maximale pour le mailleur 3D\n
Separateur_decimale = ,       //Seprateur décimale pour l'exportation des fichiers excel\n
*/


/*! \page Reconstruction Description de la procédure de reconstruction d'un modèle structurel après optimisation topologique

Description de la reconstruction

- \subpage Description_reconstruction

Commandes de la reconstruction version thèse A.Nana

- \subpage Commande_reconstruction

Commandes de la reconstruction version thèse A. Amroune

- \subpage Commande_reconstruction2

*/

/*! \page Description_reconstruction Description de la reconstruction
La squelettisation consiste à extraire le squelette d’un modèle. Le modèle est supposé structurel, c’est-à-dire contenant des éléments de type poutre. Pour utiliser l’algorithme de squelettisation, l’on a besoin de 2 fichiers .magic et 2 fichiers .txt. Il s’agit du fichier résultant de l’optimisation topologique, du fichier obtenu après lissage (partie de non_design exclue), et les 2 fichiers .txt provenant de MatLab et contenant les coordonnées des points du squelette et les connectivités entre les points de la courbe-squelette.
L’étape 5 ci-dessus résulte en 6 fichiers qui sont : 3 fichiers de squelette (en .magic) et 3 fichiers de solutions (en .sol) sur le calcul des sections.\n\n\n
<B>nomfichier_squelette1.magic</B> est le fichier contenant la courbe-squelette sous forme de ligne. Il est accompagné du fichier Carte_section1.sol qui est le fichier de solution pour la taille des sections en mètre (m).\n\n\n
<B>nomfichier_squelette2.magic</B> est le fichier contenant le squelette après transformation des segments de chaque branche de la courbe squelette en poutre droite. Il est lui aussi accompagné du fichier Carte_section2.sol qui est le fichier de solution pour la taille des sections des poutres droites en mètre (m). Ce squelette est connecté au non_design à l’aide des segments.\n\n\n
<B>nomfichier_squelette3.magic</B> le fichier final de travail. C’est ce fichier qui est utilisé dans la suite pour les calculs. Ce dernier fichier contient le squelette sous forme de poutres droites, est connecté directement au non_design à l’aide des mini-poutres et contient les conditions aux limites et de chargement. Il est accompagné du fichier Carte_section3.sol qui est le fichier de solution pour la taille des sections en mètre (m).
*/
/*! \page  Commande_reconstruction Commandes de la reconstruction A Nana (non fonctionnel aujourd'hui)

<span style="text-decoration: underline;"><B>Etape 1 :</B> </span> Optimisation topologique\n <i>topo_optis.exe
-optimise -design nom_fichier.magic -nondesign nom_fichier_bloc.magic -out nom_fichier_resu.magic -param nom_fichier_param.txt -paramaster aster.txt</i>\n\n
Si on a déjà un résultat optimal on peut directement passer à l'étape 2.
<BR><BR>

<span style="text-decoration: underline;"><B>Etape 2 :</B> </span> Lissage du résultat optimal (sans la partie de non_design) \n
<i>post_optis.exe -creepeau -in nom_fichier_resu.magic -out nom_fichier_lisse.magic  -param paramliss.txt</i>\n\n
Dans le fichier paramliss, mettre à 1 le paramètre rmimpose_debut pour supprimer le non_design et donner un nom de fichier pour le résultat de la peau sans non_design avec le paramètre nomfichpeau.
<BR><BR>


<span style="text-decoration: underline;"><B>Etape 3</B> </span> : Transformation en .off \n
<i>mgoperation.exe -offout -in nom_fichier_lisse_peau.magic</i>\n\n
(Utiliser le fichier de la peau qui ne contient pas le non_design)
<BR><BR>


<span style="text-decoration: underline;"><B>Etape 4 </B> </span> : Squelettisation sous MatLab\n

Partie 1 : génération du squelette\n
Mettre le fichier .off précédent dans le dossier « data » et aller dans le logiciel MatLab.  Choisir le chemin vers le dossier « matlab » qui est dans le même répertoire que « data »\n
Ouvrir eg_skeleton_laplacian_rosa.m\n
Mettre le nom (sans son extension) du fichier .off obtenu à l’Étape 3 dans eg_skeleton_laplacian_rosa.m à la ligne 16.\n
executer eg_skeleton_laplacian_rosa.m\n
Des figures (en particulier la figure 4) sont générées.\n\n

Partie 2 : extraction des données\n
Ouvrir maintenant Entxt.m qui est également dans le dossier « matlab »\n
Donner les noms de fichier désirés dans Entxt.m aux lignes 4, 5 et 33, 34.\n
executer Entxt.m \n
2 fichiers, contenant les coordonnées des points et les connectivités, sont générés dans le dossier « matlab » ; ce sont ces fichiers qui sont utilisés par la suite dans MAGiC.\n
<BR><BR>


<span style="text-decoration: underline;"><B>Etape 5 :</B> </span> Exportation du squelette dans MAGiC\n 
<i>skeleton.exe -construire_squelette -in nom_fichier_resu.magic -out nom_fichier -inpoints nom_fichier_points.txt -incorres nom_fichier_corres.txt -infilelisse nom_fichier_lisse.magic –connecte 1 –param_lissage paramliss.txt</i>\n\n


Pour obtenir une liste des paramètres pour d’éventuelles modifications, faire simplement :\n
<i>skeleton.exe -construire_squelette </i>\n

–connecte 1 : permet d’introduire des mini-poutres dans toute la zone (les triangles) de contact entre les tétraèdres optimisés et de non_design\n

–connecte 0 : permet d’introduire des mini-poutres uniquement au nœud de jonction entre le squelette et le non_design\n\n

Le résultat à utiliser pour la suite est le nom_fichier_squelette3.magic
<BR><BR>

<span style="text-decoration: underline;"><B>Etape 6 :</B> </span>  Lancer le calcul EF \n
<i>mgoperation.exe -calculaster -in nom_fichier_squelette3.magic -out nom_fichier_sortie -param aster.txt -elastique</i>\n
*/
/*! \page  Commande_reconstruction2 Commandes de la reconstruction A Amroune

<span style="text-decoration: underline;"><B>Etape 1 :</B> </span> Optimisation topologique\n <i>topo_optis.exe
-optimise -design nom_fichier.magic -nondesign nom_fichier_bloc.magic -out nom_fichier_resu.magic -param nom_fichier_param.txt -paramaster aster.txt</i>\n\n
Si on a déjà un résultat optimal on peut directement passer à l'étape 2.
<BR><BR>

<span style="text-decoration: underline;"><B>Etape 2 :</B> </span> Lissage du résultat optimal (sans la partie de non_design) \n
<i>post_optis.exe -creepeau -in nom_fichier_resu.magic -out nom_fichier_lisse.magic  -param paramliss.txt</i>\n\n
Dans le fichier paramliss, mettre à 1 le paramètre rmimpose_debut pour supprimer le non_design et donner un nom de fichier pour le résultat de la peau sans non_design avec le paramètre nomfichpeau.
<BR><BR>


<span style="text-decoration: underline;"><B>Etape 3</B> </span> : Transformation en .off \n
<i>mgoperation.exe -offout -in nom_fichier_lisse_peau.magic</i>\n\n
(Utiliser le fichier de la peau qui ne contient pas le non_design)
<BR><BR>


<span style="text-decoration: underline;"><B>Etape 4 </B> </span> : Squelettisation à l'aide de  <a HREF=http://github.com/taiya/starlab-mcfskel   target="_blank"/>starlab</a>\n

Ouvrir le fichier .off dans starlab et appliquer successiverment les filtres suivant : 
<ol>
<li>Voronoi based MAT</li>
<li>MCF Skeletonization</li>
<li>SurfaceMesh to Skeleton</li>
</ol>

Enregistrer le squelette en fichier .cg
<BR><BR>
<span style="text-decoration: underline;"><B>Etape 5 :</B> </span> Reconstruction du modèle BREP\n 
<i>recons_optis.exe -squelette squelette.cg -nd nd.magic -coefjonc 1.3 -nbsections 4 -nbptsinterp1 12 -nbptsinterp2 6 -angle 120 -peau peau.magic</i>
<ul>
<li>squelette chaine: Nom du fichier du squelette .cg</li>
<li>nd chaine: Fichier magic 3D du non-design</li>
<li>peau chaine: Fichier magic de la peau avec design et non-design</li>
<li>coefjonc double: Coefficient de distance deffinissant les limites des jonctions</li>
<li>nbsections integer: Nombre de sections transversales par branche</li>
<li>nbptsinterp1 integer: Nombre de points d'interpolation pour chaque section de branche</li>
<li>nbptsinterp2 integer: Nombre de points d'interpolation pour chaque segment de section de jonction</li>
<li>angle double: Intervalle angulaire de projection pour les sections intermediaires des jonctions (en degre)</li>
</ul>

*/
/*! \page SiDolo Utilisation de SiDolo couplé à MAGiC
<ul>
<li>Avant étude</li>
<ul>
<li>S'assurer que SiDolo est disponible sur son ordinateur. Si ce n'est pas le cas il est diponible <a href="http://ericca.uqtr.ca/SiDolo"> ici </a>. Mettre à jour le fichier sidolo_user dans le répertoire bin afin de mettre le bon répertoire.</li>
</ul>
<li>Étape 1</li>
<ul>
<li>Créer un répertoire pour une étude d'optimisation. Conseil pratique un répetertoire = une étude</li>
<li>Entrer dans ce répertoire</li>
</ul>
<li>Étape 2</li>
<ul>
<li>Créer un modèle MAGiC.</li>
<li>Créer un script qui fait un calcul d'une itération d'optimisation.</li>
</ul>
<li>Étape 3</li>
<ul>
<li>Créer l'ensemble des fichiers nécessaire à une étude Sidolo.  <a href="http://ericca.uqtr.ca/SiDolo"> Exemple de fichiers </a>.</li> 
<ul>
<li>fichier .dat. Définition des parametre de l'étude </li>
<li>fichier sidvar.h. Définition des variables </li>
<li>fichier interface.f. Programmation des mises à jour de données entre chaque itération</li>
<li>fichier .exp. Fichier de la courbe expérimentale à approcher </li>
</ul>
<li>Configurer les fichiers en se référant à la documentation SiDolo présente dans le répertoire doc de SiDolo.</li> 
</ul>
<li>Étape 4</li>
<ul>
<li><span style="color:magenta">source ../ou est SiDolo/bin/sidolo_user </span>. </li>
<li><span style="color:magenta">sde nomoptim</span> pour creer l'excutable de l'optimisation. </li>
<li><span style="color:magenta">sdi interface</span> pour creer l'executable de l'interface. </li>
<li><span style="color:magenta">ln -s "executable de l'interface" "non du fichier de la courbe expérimentale sans l'extension .exp"</span></li>
</ul>
<li>Étape 5</li>
<ul>
<li>Lancer l'executable de l'optimisateur</li>
</ul>
</ul>

*/
/*!
\page microstructre Microstucture de matériaux hétérogénes

Matériaux hétérogénes à fibres courtes

- \subpage fibrescourtes

Polycristaux
- \subpage polycristaux

*/
/*!
\page fibrescourtes Matériaux hétérogénes à fibres courtes
<ul> 
<li>Création des fichiers paramètres</li>
<ul>
<li>Créer un répertoire vide par etude et se placer dedans.</li><br>
<li>Commande : microstructure.exe -creeparam </li><br>
Affiche les différents paramètres généraux:
Type de generateur : [0] RSA, [1] DCR
Type d'inclusion : [0] Sphere, [1] Cylindre
Type de maillage : [0] lineaire, [1] quadratique, [2] lineaire et quadratique
Type d'etude : [0] mecanique, [1] thermique, [2] mecanique et thermique
Nombre de couche d'erosion (defaut = 0)
Epaisseur d'une couche d'erosion (defaut = 0.02)
<li>Commande : microstructure.exe  -creeparam -type_generateur 0 -type_inclusion 0 -type_maillage 0  -type_etude 0 -nb_couche_erosion 10</li><br>
Génère l'arborescence de fichier de paramètres nécessaire pour étudier une microstructure
<br><br></ul>
<li>Lancement de la simulation</li>
<ul>
<li>Afin de ne pas préciser tout le temps le repertoire app, il est possible de définir la variable locale suivante : export PATHMAGICEXEAPP=dossier app</li><br>
<ul>
<li>En séquentiel</li>
<ul>
<li>Commande : ./generer_nb_ves index_départ index_fin "dossier app"</li>
</ul>
</ul>
<ul>
<li>En parralélle</li>
<ul>
<li> </li>
</ul>
</ul>
</ul>
<li>Génération des résultats</li>
<ul>
<li>Commande : ./post_traitement "dossier app"</li>
<li>L'ensemble des résultats sont dans le répertoire resultatsé Si le format de fichier est SVG il est possible de consulter les graphiques dans le répertoire résultat/graph en faisant la commande : eog *.svg</li>
<li>Par défault, les graphiques sont générés au format SVG. Il est aussi possible de les obtenir au format pdf en faisant la commande suivante : gnuplot -e "sortie='pdf'" fig.gnu</li>
</ul>
*/
/*!
\page polycristaux Polycristaux
<ul>
<li>Création des fichiers paramètres</li>
<ul>
<li>Créer un répertoire vide par etude et se placer dedans.</li><br>
<li>Commande : microstructure.exe -polycristaux -creeparampoly -param cuivre.txt</li><br>
Géneration de 5 fichiers. Fixer les paramétres mécaniques dans le fichier cuivre.txt. Fixer les paramétres code_aster dans param_aster.txt
<br><br></ul>
<li>Lancement de la simulation</li>
<ul>
<li>En séquentiel</li>
<ul>
<li>Commande : ./vasy nb_echantillon</li>
</ul>
</ul>
<ul>
<li>En parralélle</li>
<ul>
<li>Commande : parra.exe ./vasy_par nb_cpu nb_echantillon cuivre.txt </li>
</ul>

</ul>
</ul>
<ul>
<li>Génération des graphiques résultats</li>
<ul>
<li>Commande : microstructure.exe -polycristaux -analysepoly  -param cuivre.txt</li><Br>Les fichiers peuvent être visualisés avec le programme eog (eye of gnome). eog *.svg.
</ul>
</ul>

*/


/*! \page fichier fichier
var = fichier nom 
@brief Mise en mémoire d'un gestionnaire MAGiC
@param nom une chaine de caractére.
@return var une variable representant le gestionnaire MAGiC
@details Si nom = nouveau il y a création d'un nouveau modèle MAGiC\n
@details Sinon ouverture du fichier MAGiC donné par nom\n
*/


/*! \page p_boite p_boite
var = p_boite modele x1 y1 z1 x2 y2 z2
@brief Création d'une forme primitive volumique de type boîte [MG_CG_FORME_VOLUME_BOITE] entre les points (x1,y1,z1) et (x2,y2,z2)
@param modele une variable représentant un modele de conscrution géométrique [MG_CG_MODELE].
@param x1 un double.
@param y1 un double.
@param z1 un double.
@param x2 un double.
@param y2 un double.
@param z2 un double.
@return var une variable representant une forme utile pour la construction géométrique [MG_CG_FORME]
*/


/*! \page p_sphere p_sphere
var = p_sphere modele x1 y1 z1 r
@brief Création d'une forme primitive volumique de type sphère [MG_CG_FORME_VOLUME_SPHERE] de centre (x1,y1,z1) et de rayon r
@param modele une variable représentant un modele de conscrution géométrique [MG_CG_MODELE].
@param x1 un double.
@param y1 un double.
@param z1 un double.
@param r un double.
@return var une variable representant une forme utile pour la construction géométrique [MG_CG_FORME]
*/


/*! \page p_cylindre p_cylindre
var = p_cylindre modele x1 y1 z1 axe_x axe_y axe_z r h  
@brief Création d'une forme primitive volumique de type cylindre [MG_CG_FORME_VOLUME_CYLINDRE] 
basée sur le cercle centré en (x1,y1,z1) orienté selon l'axe (axe_x,axe_y,axe_z) de hauteur h et de rayon r
@param modele une variable représentant un modele de conscrution géométrique [MG_CG_MODELE].
@param x1 un double.
@param y1 un double.
@param z1 un double.
@param axe_x un double.
@param axe_y un double.
@param axe_z un double.
@param r un double.
@param h un double.
@return var une variable representant une forme utile pour la construction géométrique [MG_CG_FORME]
*/


/*! \page p_ellipsoide p_ellipsoide
var = p_ellipsoide modele x1 y1 z1 axe_x axe_y axe_z R r  
@brief Création d'une forme primitive volumique de type ellipsoide [MG_CG_FORME_VOLUME_ELLIPSOIDE] 
centré en (x1,y1,z1) orienté selon l'axe (axe_x,axe_y,axe_z) de rayon majeur R et de rayon mineur r
@param modele une variable représentant un modele de conscrution géométrique [MG_CG_MODELE].
@param x1 un double.
@param y1 un double.
@param z1 un double.
@param axe_x un double.
@param axe_y un double.
@param axe_z un double.
@param R un double.
@param r un double.
@return var une variable representant une forme utile pour la construction géométrique [MG_CG_FORME]
*/


/*! \page p_tore p_tore
var = p_tore modele x1 y1 z1 axe_x axe_y axe_z R r  angle1 angle2
@brief Création d'une forme primitive volumique de type tore [MG_CG_FORME_VOLUME_TORE] basée sur le cercle centré en (x1,y1,z1) orienté selon l'axe (axe_x,axe_y,axe_z) de grand rayon R  et de petit rayon r
@param modele une variable représentant un modele de conscrution géométrique [MG_CG_MODELE].
@param x1 un double.
@param y1 un double.
@param z1 un double.
@param axe_x un double.
@param axe_y un double.
@param axe_z un double.
@param R un double.
@param r un double.
@param angle1 un double qui représente la portion de 2PI du tore.
@param angle2 un double qui represente le début du tore par rapport à x.
@return var une variable representant une forme utile pour la construction géométrique [MG_CG_FORME]
*/


/*! \page p_cone p_cone
var = p_cone modele x1 y1 z1 axe_x axe_y axe_z h r  
@brief Création d'une forme primitive volumique de type cone [MG_CG_FORME_VOLUME_CONE] basée sur le cercle centré en (x1,y1,z1) orienté selon l'axe (axe_x,axe_y,axe_z) de hauteur h  et de petit rayon r
@param modele une variable représentant un modele de conscrution géométrique [MG_CG_MODELE].
@param x1 un double.
@param y1 un double.
@param z1 un double.
@param axe_x un double.
@param axe_y un double.
@param axe_z un double.
@param h un double.
@param r un double.
@return var une variable representant une forme utile pour la construction géométrique [MG_CG_FORME]
*/

/*! \page ajoutass ajoutass
var = ajoutass assemblage forme  
@brief Ajoute une forme [MG_CG_FORME] dans un assemblage [MG_CG_ASSEMBLAGE]
@param assemblage une variable représentant un assemblage [MG_CG_ASSEMBLAGE].
@param forme une variable représentant forme utile pour la construction géométrique [MG_CG_FORME]
@return var une variable inutilisable
*/
/*! \page union union
var = union modele forme1 forme2 nom_semantique
@brief Création d'une opération booléene d'union [MG_CG_OP_BOOL_UNION] entre deux formes [MG_CG_FORME]
@param modele une variable représentant un modele de conscrution géométrique [MG_CG_MODELE].
@param forme1 une forme [MG_CG_FORME].
@param forme2 une forme [MG_CG_FORME].
@param nom_semantique OPTIONNEL nom pour donner un sens physique à l'opération. Les choix sont : chamfrein, conge, intersection, percage, soustraction, union, extrusion
@return var une variable representant une forme utile pour la construction géométrique [MG_CG_FORME]
@details Si aucun nom de sémantique n'est donné le qualificatif SANS est attribué
*/

/*! \page diff diff
var = diff modele forme1 forme2 nom_semantique
@brief Création d'une opération booléene de soustraction [MG_CG_OP_BOOL_DIFFERENCE] entre deux formes [MG_CG_FORME]
@param modele une variable représentant un modele de conscrution géométrique [MG_CG_MODELE].
@param forme1 une forme [MG_CG_FORME].
@param forme2 une forme [MG_CG_FORME].
@param nom_semantique OPTIONNEL nom pour donner un sens physique à l'opération. Les choix sont : chamfrein, conge, intersection, percage, soustraction, union, extrusion
@return var une variable representant une forme utile pour la construction géométrique [MG_CG_FORME]
@details Si aucun nom de sémantique n'est donné le qualificatif SANS est attribué
*/

/*! \page inter inter
var = inter modele forme1 forme2 nom_semantique
@brief Création d'une opération booléene d'intersection [MG_CG_OP_BOOL_INTERSECTION] entre deux formes [MG_CG_FORME]
@param modele une variable représentant un modele de conscrution géométrique [MG_CG_MODELE].
@param forme1 une forme [MG_CG_FORME].
@param forme2 une forme [MG_CG_FORME].
@param nom_semantique OPTIONNEL nom pour donner un sens physique à l'opération. Les choix sont : chamfrein, conge, intersection, percage, soustraction, union, extrusion
@return var une variable representant une forme utile pour la construction géométrique [MG_CG_FORME]
@details Si aucun nom de sémantique n'est donné le qualificatif SANS est attribué
*/

/*! \page fragment fragment
var = fragment modele forme1 forme2 nom_semantique
@brief Création d'une opération booléene de fragmentation [MG_CG_OP_BOOL_FRAGMENT] entre deux formes [MG_CG_FORME]
@param modele une variable représentant un modele de conscrution géométrique [MG_CG_MODELE].
@param forme1 une forme [MG_CG_FORME].
@param forme2 une forme [MG_CG_FORME].
@param nom_semantique OPTIONNEL nom pour donner un sens physique à l'opération. Les choix sont : chamfrein, conge, intersection, percage, soustraction, union, extrusion
@return var une variable representant une forme utile pour la construction géométrique [MG_CG_FORME]
@details Si aucun nom de sémantique n'est donné le qualificatif SANS est attribué
*/


/*! \page creemodele creemodele
var = creemodele gest nom unite eps fusion triSTL eps_tri
@brief Création d'un modele de construction géométrique [MG_CG_MODELE]
@param gest une variable représentant un modèle MAGiC [MG_GESTIONNAIRE]
@param nom une chaine de caractère.
@param unite un double représentant l'unité de mesure utilisé
@param eps un double représentant la précision utilisé
@param fusion une chaine de caractère. Si la valeur est "fusion" alors les entités similaires seront fusionnés à partir d'un algorithme de balayage.
@param triSTL est une chaine de caractère. Si la valeur est "true" alors le modèle sera disposé à importer la triangulation STL.
@param eps_tri un double représentant l'écart entre un entité topologique et son maillage STL.
@return var une variable representant un modele de construction géométrique [MG_CG_MODELE]
*/


/*! \page creeassemblage creeassemblage
var = creeassemblage modele nom
@brief Création d'un assemblage [MG_CG_ASSEMBLAGE] dans un modele de construction géométrique [MG_CG_MODELE]
@param modele une variable représentant un modele de conscrution géométrique [MG_CG_MODELE].
@param nom une chaine de caractère. Ce nom n'est pas utilisé par la suite
@return var une variable representant un assemblage [MG_CG_ASSEMBLAGE]
*/

/*! \page enregistrer enregistrer
var = enregistrer gest nom
@brief Sauvegarde d'un fichier MAGiC
@param gest une variable représentant un gestionnaire MAGiC [MG_GESTIONNAIRE]
@param nom une string représentant un nom de fichier (L'extension s'ajoute automatiquement au nom du fichier).
@return var une variable inutilisable
*/

/*! \page brepassemblage brepassemblage
var = brepassemblage assemblage nom
@brief Conversion d'un assemblage [MG_CG_ASSEMBLAGE] au format brep d'OpenCascade
@param gest une variable représentant un gestionnaire MAGiC [MG_GESTIONNAIRE]
@param nom une string représentant un nom de fichier brep
@return var une variable inutilisable
*/


/*! \page export_mg_gmsh export_mg_gmsh
var = export_mg_gmsh gest nom num
@brief Exportation d'un MG_MAILLAGE MAGiC en format GMSH
@param gest une variable représentant un gestionnaire MAGiC [MG_GESTIONNAIRE]
@param nom une string représentant un nom de fichier gmsh (L'extension s'ajoute automatiquement au nom du fichier).
@param num un integer qui représente un numero sequantielle de maillage (entre 1 et n)
@return var une variable inutilisable
*/

/*! \page export_fem_gmsh export_fem_gmsh
var = export_fem_gmsh gest nom num
@brief Exportation d'un FEM_MAILLAGE MAGiC en format GMSH
@param gest une variable représentant un gestionnaire MAGiC [MG_GESTIONNAIRE]
@param nom une string représentant un nom de fichier gmsh (L'extension s'ajoute automatiquement au nom du fichier).
@param num un integer qui représente un numero sequantielle de maillage (entre 1 et n)
@return var une variable inutilisable
*/
/*! \page importstepocc importstepocc
var = importstepocc gest fichier_entree fichier_sortie eps fusion triSTL eps_tri
@brief importation d'un fichier STEP en MAGiC via opencascade V2017
@param gest une variable représentant un gestionnaire MAGiC [MG_GESTIONNAIRE]
@param fichier_entree une string représentant le nom de fichier STEP.
@param fichier_sortie une string représentant le nom du fichier MAGiC.
@param eps un double représentant la précision utilisé
@param fusion une chaine de caractère. Si la valeur est "fusion" alors les entités similaires seront fusionnés à partir d'un algorithme de balayage.
@param triSTL est une chaine de caractère. Si la valeur est "true" alors le modèle sera disposé à importer la triangulation STL.
@param eps_tri un double représentant l'écart entre un entité topologique et son maillage STL.
@return var une variable de type geometrie
*/

/*! \page tristlmodele tristlmodele
var = tristlmodele modele type
@brief Création de la triangulation STL [MG_MAILLAGE] d'un modele de construction géométrique [MG_CG_MODELE]
@param modele une variable représentant un modele de conscrution géométrique [MG_CG_MODELE].
@param type une string représentant le type de triangulation. Si type = tristl la triangulation ne tiendra pas en compte de la conformité du maillage. Si type = triangulation la conformité du maillage sera assurée.
@return var une variable inutilisable
*/

/*! \page tristlassemblage tristlassemblage
var = tristlassemblage assemblage type
@brief Création de la triangulation STL [MG_MAILLAGE] d'un assemblage [MG_CG_ASSEMBLAGE]
@param assemblage une variable représentant un assemblage [MG_CG_ASSEMBLAGE].
@param type une string représentant le type de triangulation. Si type = tristl la triangulation ne tiendra pas en compte de la conformité du maillage. Si type = triangulation la conformité du maillage sera assurée.
@return var une variable inutilisable

*/
/*! \page histo Historique du projet MAGiC
La librairie MAGiC est l'implémentation pratique du MTU (Modèle de Topologie Unified) de la publication <a href="https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/16864360.2014.902677" target="_blank">Integration of CAD, FEA and topology optimization through a unified topological model</a>.
<br> Voici l'historique du projet depuis sa naissance en 1999 : 
<ul>
<li>Version 1 : 1999. Début du projet non structuré sur multiplateforme UNIX. BREP interne STEP ou SAT</li> 
<li>Version 2 : 2002. Transfert du projet sur Windows avec Visualisateur intégré. Visual MAGiC. Compilateur Borland c++ exclusif. BREP SolidWorks</li> 
<li>Version 3 : 2007. Adapatation vers linux en conservant la version Windows. Abandon de la visualisation personnelle sur linux. BREP opencascade</li>
<li>Version 4 : 2012. Linux exclusif. Abandon finale de la visualisation personnelle. Passage en projet uniquement open-source. Projet multi utilisateur géré par SVN. Utilisation de GMSH comme visualisateur.</li> 
<ul>
<li>Version 4.1 : 2012. Encapsulation du code Éléments Finis Code Aster</li> .
<br>&emsp;&emsp;Création d'un optimisateur de topologie intégré
<li>Version 4.2 : 2013. Multiplication des programmes et création de MAGIC_APPLICATION un lanceur d'application personnel et universel</li> . 
<br>&emsp;&emsp;Création de visualisateurs simplistes intégrés en VTK pour visualiser des particularités (Conditions aux limites, comparaison de modèle.
<li>Version 4.3 : 2018. Utilisation du code Multi-Physique Project-Chrono</li>. 
<br>&emsp;&emsp;Création d'un calculateur d'homogéinisation de particules fibres courtes orientées aléatoirement
</ul>

</ul>

*/
Revision:	1173
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